"Câu chuyện về phép màu và tình yêu" xoay xung quanh Mitsuha và Taki. Mitsuha là một cô bé học sinh cấp 3 sống tại một vùng nông thôn nằm rúc sâu trong núi. Cha cô là thị trưởng và rất ít khi ở nhà, bản thân cô sống với đứa em gái đang học tiểu học và bà nội. Mitsuha là một cô bé trung thực, nhưng cô không hề thích truyền thống thờ đạo Shinto của gia đình mình, cũng như việc bố cô đang tham gia một chiến dịch tranh cử. Cô than rằng mình sống ở một thị trấn nông thôn chật hẹp, ao ước phong cách sống diệu kỳ của Tokyo. Taki là một cậu học sinh cấp 3 sống tại trung tâm Tokyo. Cậu dành thời gian với bạn bè, làm bán thời gian tại một nhà hàng Ý, và có hứng thú với kiến trúc với mỹ thuật. Vào một ngày, Mitsuha nằm mơ thấy một cậu trai trẻ. Taki cũng nằm mơ thấy một người con gái sống tại một thị trấn hẻo lánh giữa những dãy núi mà cậu chưa đặt chân tới. Bí mật về những trải nhiệm cá nhân trong giấc mơ của họ là gì?